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Ao exportar boletos (e demais relatórios) para PDF as fontes diminuem de tamanho gerando problema no código de barras. O problema está na ferramenta Crystal Reports.
Solução:
Criar chave no registro para forçar o tamanho da fonte no Crystal.
Executar o arquivo Cr9ToPDF.reg para criação da chave.
Atualização nos usuários internos e externos:
Infelizmente a chave deve ser inserida manualmente em cada máquina/usuário. E isto deve ser feito por quem está com o problema.